Boris, den sista överlevande ur rasen Boglodite, bryter sig ur ett högsäkerhetsfängelse och det är upp till Agent J att fånga honom. J måste resa tillbaka i tiden, till år 1969, där han hittar en ung Agent K som hjälper honom med uppdraget. Om de inte lyckas hindra rymdskurken kan det innebära slutet för mänskligheten.