Neo, Morpheus och Trinity är tillbaka i den mäktiga andra delen av Matrix-trilogin, och de får sällskap av nya bundsförvanter i kampen mot fienden som är klonad och uppgraderad. Neo uppskattar att han har 72 timmar på sig att förstöra de 250 000 destruktiva sonder han vet är utskickade. Han måste också bestämma sig för hur han ska rädda Trinity från det mörka öde han drömmer att hon ska drabbas av.