Hanna uppfostras av sin frånvarande far, en före detta agent, för att klara tuffa prövningar och utveckla sina färdigheter för att överleva. När det är dags att lämna det avskilda livet i skogen och ställas inför den värld som hennes far en gång övergav, hamnar Hanna i en okänd verklighet. Hon måste navigera genom en miljö där hennes erfarenhet är begränsad samtidigt som hon kämpar mot våldsamma förföljare sända av agenten Marissa Wiegler. Det var Marissa som låg bakom det experiment som ledde till Hannas mors död och isolering.